Pada 16 Juli 2004, ketua umum Dewan Koperasi Indonesia (Dekopin) periode 2004-2009 ini ditahan sebagai tersangka kasus penyelundupan gula impor ilegal 73 ribu ton. Nurdin kemudian juga ditahan atas dugaan korupsi dalam distribusi minyak goreng Koperasi Distribusi Indonesia (KDI).

Hampir setahun kemudian (16/6/05), dia dinyatakan tidak bersalah atas tuduhan tersebut oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Jaksa tidak terima dan mengajukan kasasi ke MA. Baru pada 13 Agustus 2007, MA menyatakan Nurdin bersalah dan divonis 2 tahun penjara.
Nurdin kemudian dituntut 10 tahun penjara dalam kasus gula impor ilegal 56 ton dengan kerugian negara Rp 3,4 miliar pada September 2005. Namun dakwaan ditolak majelis hakim Pengadilan Jakarta Utara pada 15 Desember 2005 karena BAP perkaranya dinilai cacat hukum.
Selain kasus tersebut, Nurdin juga terlibat kasus pelanggaran kepabeanan impor beras dari Vietnam dan divonis penjara 2 tahun 6 bulan oleh Pengadilan Negeri Jakarta Utara pada 9 Agustus 2005. Dia pun mendekam di Rutan Salemba.